INVESTIGAREA INTERACȚIUNII STATISTICE ÎNTRE POLIMORFISMELE PRESCRIBIND BOLI DE CROHN ÎN POPULAȚIA PACIENTULUI UNGAR. Disertație de doctorat

INVESTIGAREA INTERACȚIUNII STATISTICE ÎNTRE BOLI DE CROH PRIMULATĂ POLIMORFISMELE ÎN POPULAȚIA PACIENTULUI UNGAR Univ. Doctor (dr.) Dr. Dr.

statistice

CUPRINS SCURTĂ DESCRIERE 4 1. I NTRODUCERE 6 1.1. Boala Crohn. 6 1.1.1. Fenotip. 6 1.1.2. Epidemiologie, etiologie, factori de mediu. 7 1.2. Fundalul genetic al bolii Crohn. 11 1.2.1. Rolul fundalului genetic (studii gemene, concordanță). 11 1.2.2. Identificarea genelor candidate. 11 1.2.3. Studii de legătură la nivel de genom (GWL). 12 1.2.4. Studii de asociere a genomului întreg (studii GWA). 15 1.2.5. Studii cu două locus și multi-locus - Investigația interacțiunilor genă-genă. 16 1.2.6. Studii cu două locus și multi-locus Testele predictive, medicina personalizată. 18 1.2.7. Scurtă caracterizare a genelor și loci studiați. 19 OBIECTIV 2 33 3. PACIENTI ȘI METODE 34 3.1. Populația de studiu. 34 3.1.1. Pacienții lui Crohn. 34 3.1.2. Grupul de control. 34 3.2. Metode biologice moleculare. 35 3.2.1. Reacția PCR. 35 3.2.2. RFLP. 36 3.2.3. Secvențierea directă. 37 3.3. Metode statistice. 37 4. REZULTATE 39 4.1. Rezultate cu un singur locus. 39 2

4.2. Rezultate cu două locuri. 43 5. PREZENTAREA ȘI REZULTATELE REZULTATELOR 53 6. REZUMATUL REZULTATELOR 61 7. MULȚUMIRI 63 8 DOCUMENTA DE DISERTATURA 64 9. ALTE PUBLICAȚII 65 10. REZUMAT COTABIL 68 68 BIBLIOGRAFIE 71 3

LISTA ABREVIERILOR ATG16L1 genă asociată cu autofagia 16 asemănătoare cu 1 pereche de baze BP CARD15 familie de activare și recrutare caspază, membru 15 CD Boala Crohn CI interval de încredere COX ciclooxigenază CTLA4 citotoxică T-limfocit proteină asociată 4 CL colită ulcer, colită CU ulcer dexiribonucleotid EDTA acid etilendiaminetetraacetic FDR rata de descoperire falsă FoxP3 furcă cutie P3 GI gastrointestinal GWA genom asociere largă GWL genom legătură largă HLA antigen leucocitar uman IBD boală inflamatorie intestinală (boală inflamatorie intestinală) familie ITP receptor Mase IFNγ interferon gamma legare LD dezechilibru LRKK2 leucină bogată repetare kinază muramil dipeptidă MDR reducere a dimensionalității multifactor MDR1 rezistență la mai multe medicamente 1 factor nuclear NFκB kappa B MST1 stimulând macrofage 1 domeniu de oligomerizare NOD2 care leagă nucleotidele conținând 2 cationi organici OCTN1 1 cation organic OCTN1 ic cation transporter 2 OR odds ratio 4

PBMC PCR celule mononucleare periferice reacție în lanț polimerază PDLIM PDZ și domeniu LIM 5 P4HA2 PTGER4 RAG prolil-4 hidroxilază, alfa polipeptidă II prostaglandină E receptor (subtip EP4) genă activatoare de recombinare PTPN22 proteină tirozină fosfatază, restricție RFLP fragment de lungime lungime polimorfism 22, membrul 4 SLC22A5 familia purtătorului de solut 22, membrul 5 SNP TDT polimorfism cu nucleotid unic transmisie dezechilibru test TLR4 stil ca receptor 4 TNFα TNFRSF1A tumoră tumorală necrofază factor receptor receptor superfamilie, membru 1a TNFSF15 tumoră necroză factor superfamilie, membru 15 5

Figura 3. Experimentele in vitro și modelele de șoareci arată că defecte în autofagie, cum ar fi disfuncția proteinelor autofagice implicate în proces, pot contribui la dezvoltarea bolii Crohn prin diferite mecanisme 218. E: epiteliu; IgM: imunoglobulină M; L: lumen; LA: agregate limfoide; TM: strat muscular îngroșat. Receptorul interleukinei 23 (IL23R) IBD17 Diferențierea celulelor T, inflamație Deteriorarea țesutului manifestată în boala Crohn se poate datora unui răspuns excesiv al imunității adaptive. De asemenea, se știe de mult timp că în CD, atât celulele T helper (Th) periferice cât și cele centrale sunt polarizate în direcția Th1 producătoare de INF, se dezvoltă dominanța Th1, care favorizează procesele inflamatorii 219. Pe lângă celulele Th1, T - o altă subpopulație de limfocite joacă, de asemenea, un rol important în dezvoltarea bolii Crohn. Principala caracteristică a limfocitelor CD4 + și CD25 - Th17 este producerea citokinei proinflamatorii IL17 (în principal IL17A și IL17F) 220. Pe lângă secreția IL17, exprimarea IL22, IL21 și CCL20 (receptorul chemokinei CC 6) în celule este cunoscut și 221. 24

În timp ce producția de IL21 este indusă de IL6 (STAT3-dependent) 221.222, expresia CCL20, care recrutează celule imune intestinale, este indusă de IL17A 223. Diferențierea celulelor T0 naive în direcția Th17 este indusă de coexprimarea IL23 și TGF citokine: citine inflamatorii În prezența IL6), TGF induce legarea asemănătoare Th17, în timp ce IL23 este mai implicată în multiplicarea și menținerea populației de celule Th17 224 (Fig. 4). Aceste două molecule joacă, de asemenea, un rol important în echilibrarea celulelor T de reglare antiinflamatoare (Treg) și a limfocitelor pro-inflamatorii Th17: în absența IL23, TGF induce dezvoltarea FoxP3 + Treg 225; Cu toate acestea, IL23 scade numărul de celule FoxP3 + din intestin, ceea ce favorizează dezvoltarea inflamației. La rândul său, factorii de transcripție care controlează dezvoltarea Th1 și Th2 inhibă 227.228. Figura 4. Diferențierea celulelor T 229. CD: boala Crohn; UC: colită ulcerativă. 25

Figura 5. Calea IL23R a fost asociată cu mai multe boli imun-mediate, inclusiv boala inflamatorie intestinală 233. 1: Spondilita anchilozantă; 2: Boli inflamatorii intestinale; 3: Psoriazis; 4: Scleroză multiplă; 5: Diabet de tip I; 6: Poliartrita reumatoidă; 7: Ciroza biliară primară; 8: Boala celiaca; 9: Lupus eritematos sistemic; 10: sindromul Sjögren; 11: Colită ulcerativă; 12: Boala Behcet. CARD9: proteina 9 care conține domeniu de recrutare caspază; CCR6: receptorul chemokinei CC 6; IFNγ: interferon-γ; JAK2: Janus kinaza 2; NF-κB: factor nuclear-κb; PTGER4: subtipul EP4 al receptorului prostaglandinei E2; STAT3: traductor de semnal și activator al transcripției 3; TYK2: tirozin kinaza 21. Duerr și colab. 97 au fost primii care au arătat o asociere semnificativă între polimorfisme din genele IL23R și IL12R 2 și între polimorfisme din gena IL23R în sine și boala Crohn. Dintre cei 10 SNP pe care îi descriu, iese în evidență varianta cu o frecvență de alelă foarte mică; această mutație R381Q missense (rs11209026, 1142G> A, missense) mutație localizată în domeniul citoplasmatic al proteinei are un puternic efect protector. Echipa de cercetare are 9 SNP-uri suplimentare (rs1004819, rs7517847, rs10489629, rs2201841, 27